1999年派佩获得了两项全英音乐奖提名，而在获得《Smash Hits》最佳女歌手的颁奖晚会上她却被时任男友的Ritchie Neville（男孩团体FIVE成员）坐在台下的粉丝们嘘至留下眼泪。一年后，派佩以全名“比莉·派佩”和更加成熟的声音、形象发表了第二张专辑，专辑首支单曲《Day & Night》拥有强劲有力的乐声和震耳欲聋的节奏，一推出就拿下了她个人第二支冠军单曲，让派佩击败小甜甜布兰妮而成为英国拥有两支冠军曲的最年轻女艺人，然而这样的成功却没能继续持续下去，期间厌食、吸毒，专辑销量不佳带来的抑郁甚至是自杀以及被变态跟踪者骚扰等各种负面报道也一直困扰着她。
2005年开播的新版经典科幻剧集《神秘博士》中派佩得到了博士的旅行伙伴罗斯的角色，先后同两任博士扮演者克里斯托弗·埃克莱斯顿和大卫·田纳特合作。这次演出相当成功，为她赢得了05和06连续两年的国家电视奖的最受欢迎女演员奖以及被BBC新闻成为05年的“年度面孔”之一，成功实现从偶像歌手到演员的转型。尽管比莉·派佩一年前就做出了离开《神秘博士》的决定，但直到06年6月这一消息才被BBC公开。她原本还有希望主演一档以离开的博士罗斯为主角的衍生剧集，但是由于博士系列的衍生剧过多而未能成行。2005年派佩出演了莎剧改编的BBC电视电影《无事生非》，这一现代版戏说中她扮演的Hero是电视台的一位天气预报员。
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