1927年11月14日，中共临时中央政治局常委会议决定调整中央组织机构，中央不设部，改为在中央常委下设立组织局领导各科工作，周恩来代理组织局主任，李鸣珂被任命为组织局下设的军事科科长——总管中央军事工作。
由此可见周恩来对李鸣珂之倚重。
广州暴动前，李鸣珂奉周恩来之命，带着助手李觉鸣前往香港，给港九地区地下党负责人恽代英、聂荣臻送去经费，听取汇报。
为直接了解广州暴动失败后的情况，李鸣珂曾深入白色恐怖中的广州，险些落入敌手……
不久，他又奉派前往湖南，给南昌起义后与中央失去了联系的朱德带去中央的重要指示信（告之毛泽东领导的农军驻扎地区，指示朱德与之联络，共建苏维埃政权）。信中特别对朱德说：“中央特派李鸣珂同志经江西入湘专与你接头”，“中央一切重要的决议和关于军事运动的新政策，以及最近各省工农武装暴动的情形和统治军阀崩溃的趋势，已令鸣珂同志口头向你们详细报告”，信中还交待：