但是，初膺重任的曾国藩不愿一开始就顶着不干，给清廷留下不驯的印象。为此，他于1859年6月11日，将大营由宿松移至皖南祁门，并奏报立即组建新军，数月后大举东援的计划。
这两次战略分歧不是偶然的。湘军集团以湖南为巢穴，以两湖为立足之根本。且看准了太平天国革命者，在政治上是“窃号之贼”，绝不轻弃其“根本”；在军事上踞下游，又不能不争上游以护其“根本”的特点。故坚持全力围攻安庆。但建都北京的清廷，对此却缺乏认识，或根据太平军北伐的教训，而偏重北防；或因江浙是其主要财政收入之地，而重下游，轻上游。这就是说，清廷既不知己，又不知彼；而湘军集团则“知己知彼”，故能制定并坚持保上游，争上游，以清下游的方针。值得注意的是，曾国藩在处理分歧时，不是简单的顶着不干，而是在认识上耐心加以疏导，并照顾到清廷的尊严，在部署时加以敷衍。这样，就做到既不放弃原则，又不给清廷留下桀骜不驯的印象。不久，发生的事实证明了这一方针的正确。围攻安庆，大平军并未北进；攻下苏常后，太平军又未及时进攻浙江。在这种情况下，见识浅陋，惯于头痛医头、脚痛医脚的清廷，也就欣然听从曾国藩等自行办理。后来攻金陵的战略部署，清廷也就不再遥控了。