至于修持上的忏悔，天台宗有三种忏悔法门：
1．以戒律门忏悔：精持戒律，夙夜不懈地修持，犹如大火，烧去一切情识障。
2．以功德门忏悔：常行功德，供养三宝的修持，犹如春风，消去一切烦恼障。
3．以无生门忏悔：看破生死，修习无我的修持，犹如净水，洗去一切知见障。
修持忏悔的法门虽多，最重要的是要真诚发露。发露，就是把自己的罪过在大众面前坦诚无讳地说出来。从忏悔的情状，可以看出一个人忏悔的等级。如果是上品的挚诚恳切，忏悔时会全身流汗，且痛哭流涕，泪中带血，这是最高的忏悔；中品的忏悔，身上所有毛孔发热，眼睛布满血丝，眼泪、鼻涕双流，懊恼欲死；最普通的下品忏悔，则是涕泪纵横，俯身不起。
忏悔，要至诚发心，罪业才能消除。过去有一个小沙弥走夜路时，不小心踏死了一只青蛙，师父知道以后，神色黯然地对小沙弥说：“真是罪孽深重啊！你怎么可以随便踩死生灵呢？为免业报轮回，你只好到后山跳崖舍身谢罪了。”